Mit Einführung der Abgeltungsteuer wurde die Verlustverrechnung grundlegend verändert. Zwar ist auch nach der neuen Regelung eine Verrechnung von Verlusten möglich. Es wird aber zwischen Altverlusten und Verlusten, die ab 2009 unter der Abgeltungsteuer entstanden sind, unterschieden. Außerdem gelten Spezialregeln bei Aktien.
„Altverluste“ aus so genannten Spekulationsgeschäften, die vor dem 1.1.2009 innerhalb der einjährigen Spekulationsfrist verkaufte Wertpapiere betreffen, können nur noch bis Ende 2013 mit den verbliebenen Veräußerungsgewinnen verrechnet werden. Dies geht allerdings nicht mit etwaigen Zins- und Dividendenerträgen. Über 2013 hinaus dürfen Altverluste nur noch auf neue Gewinne aus privaten Veräußerungsgeschäften angerechnet werden, dies sind zum Beispiel Gewinne aus Immobilienverkäufen.
Alle „Neuverluste“ ab 2009 können unbeschränkt mit „neuen“ Veräußerungsgewinnen aus Kapitalanlagen sowie Zinsen und Dividenden verrechnet werden. Eine Ausnahme bilden jedoch Neuverluste aus Aktien, die nur mit realisierten „neuen“ Kursgewinnen aus Aktien verrechnet werden. Dies erfordert, dass die Depot führende Bank zwei Verlustverrechnungstöpfe führen muss: Einen Verlustverrechnungstopf „Aktien“ sowie einen weiteren Verlustverrechnungstopf „Sonstige“, der zum Beispiel Stückzinsen berücksichtigt.
Die Verlustverrechnung wird von der Depotbank vorgenommen. Sie muss dabei unterscheiden, wann die Verluste entstanden sind. Dabei gilt bei Verkäufen immer das „First-in-First-Out“ (FiFo) Prinzip. Es besagt, dass zuerst angeschaffte Wertpapiere als zuerst veräußert angesehen werden. Erst wenn die im jeweiligen Jahr übrig bleibenden Gewinne den Freistellungsauftrag ausschöpfen, führt die Bank die darüber hinausgehenden Erträge an den Fiskus ab.
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